I södra Sverige är det mycket stor variation i växtplanktonsamhället. Många sjöar är övergödda av näringsämnen från jordbruk och avlopp eftersom befolkningen är stor i denna del av landet. Här finns också både rejält sura sjöar och väldigt kalkrika vatten med basiskt pH.
I denna del av landet provtas 69 sjöar förutom våra tre största sjöar. Medianvärdet för mängden växtplankton är 0,6 kubikmillimeter per liter, men spridningen är mycket stor. Vissa sjöar har så lite som 0,08 kubikmillimeter växtplankton per liter och andra har ända upp till 15. Tretton av sjöarna är typiska slättlandskapssjöar, med mer än 10 procent jordbruksmark i avrinningsområdena. De sjöarna har oftast en högre biomassa av växtplankton på runt 2,1 kubikmillimeter per liter.
Liksom i norra Sverige är det i många sjöar vanligt med höga biomassor av nålflagellaten Gonyostomum semen som tillhör gruppen harpunflagellater Raphidophyceae. I södra Sverige är cyanobakterier den näst mest dominerande gruppen i sommarprover från sjöarna och andra vanliga grupper är dinoflagellater, kiselalger och grönalger.
Växtplanktonsamhället styrs också av hur kalkrikt vattnet är, vilket styr pH-värdet. I södra Sverige finns det både rejält sura sjöar med lite kalk och väldigt kalkrika vatten med basiskt pH. I kalkrika vatten dominerar cyanobakterier, kiselalger och dinoflagellater medan sura sjöar i stort sett saknar cyanobakterier, de domineras istället ofta av Gonyostomum och grönalger.
Bland sjöarna i södra Sverige dominerar sjöar som inte har någon signifikant trend för växtplankton. I 39 av dem finns det dock ökande trender för cyanobakterier och 28 har ökande trender för totalbiomassa av växtplankton medan ett 10-tal istället har minskande mängder.
Stora sjöarna: Vänern, Vättern och Mälaren
Sveriges tre största sjöar ligger i södra Sverige. Här övervakas växtplankton vid flera platser och tillfällen under året och härifrån finns de längsta tidsserierna. Dessa tre sjöar är sinsemellan mycket olika, vilket speglar förhållandena i resten av Sveriges många sjöar.
Regelbunden miljöövervakning i sötvatten började i mitten av 1960-talet i Mälaren. Då hade man stora problem med algblomningar som hotade dricksvattentäkter och förstörde möjligheten att bada. Då kunde enskilda prover ha så stora mängder växtplankton som 50 kubikmillimeter per liter. Nuförtiden ligger mängderna under sommaren ofta mellan 1 och 7 kubikmillimeter per liter. Vissa delar av Mälaren har fått minskade mängder växtplankton under dessa 50 år av provtagningar, men inte alla. Delbassänger som historiskt sett legat lågt har snarare ökade trender.
I Vänern och Vättern är mängden växtplankton betydligt lägre. I Vättern är biomassan ofta 0,12–0,14 kubikmillimeter per liter, dvs. nästan lika låg biomassa som fjällens sjöar. Under de senaste tio åren har mängderna dessutom en svagt minskande trend. Vänern ligger något högre, mellan 0,20 och 0,35 beroende på station. Här ses en svagt ökande trend av växtplanktonbiomassa under sommarmånaderna.
I de tre största sjöarna har gruppen rekylalger (Cryptophyta) en mycket större andel av biomassan än i de mindre sjöarna. I Vänern är det den största gruppen tillsammans med cyanobakterier. I Vättern är kiselalger och dinoflagellater största grupperna och i Mälaren är det kiselalger och cyanobakterier som dominerar planktonsamhället.