Både Östersjöns västra och östra torskbestånd befinner sig på låga nivåer. I det kustnära fisksamhället finns en tendens att rovfiskkar som abborre och gädda minskar, medan bestånden av karpfiskar är stabila eller ökar.
I södra Östersjön finns två bestånd av torsk med delvis överlappande utbredningsområden. Det västra beståndet är koncentrerat till havsområdet väster om Bornholm inklusive Öresund och det östra beståndet som är koncentrerat till havsområdena öster om Bornholm, båda bestånden befinner sig på låga nivåer.
Sillen i södra Östersjön delas upp i två bestånd – vårlekande i sydvästra Östersjön och sill i centrala Östersjön. Skarpsillen betraktas i hela Östersjön som ett helt bestånd. Det kustnära fisksamhället består av en blandning av arter med ett marint och sötvattensursprung. Det finns här en tendens att rovfiskar som abborre och gädda minskar i förekomst medan bestånden av karpfiskar som mört är stabila eller ökande och storspiggen har blivit den dominerande arten i vissa områden. Vidare är förekomsten och konditionen hos den kustnära torsken och skrubbskäddan i Hanöbukten låg.
Det västra beståndet av torsk där även torsken i Öresund ingår ligger på en mycket låg nivå och sett över en längre tidsperiod så har det västra beståndet av torsk som helhet haft en negativ utveckling sedan 1990-talet. Östra beståndet av torsk ökade under perioden 2005–2010, men mellan 2011 och 2015 har beståndet varierat i storlek. De senaste fem åren visar beståndet på en negativ utveckling, samtidigt som torsken blivit allt mindre i storlek och i allt sämre kondition. I grunda kustområden påträffades mer torsk mellan 2008 och 2013, men fångsten har under de senaste åren minskat igen.
I södra egentliga Östersjön finns flera bestånd av sill (strömming). Vårlekande sill, där sill i Skagerrak, Kattegatt och sydvästra Östersjön utgör ett gemensamt bestånd blandas i södra egentliga Östersjön med sill från centrala Östersjön. Vårlekande sill minskade under senare delen av 2000-talet, och ligger nu på en mycket låg nivå. Vid tiden för publicering av dessa texter saknas uppdaterade och officiella analyser av sill-/strömmingbeståndens status i centrala Östersjön.
Skarpsillen i Östersjön förvaltas som ett bestånd. Beståndet hade en topp 1997 och har därefter varierat en del i storlek men på en relativt hög nivå.
De vanligaste kustnära arterna är abborre och mört, men även marina arter som torsk, sill och skrubbskädda är relativt vanligt förekommande.
Svartmunnad smörbult är en invasiv art i Östersjön, och arten har blivit ställvis talrik i svenska kustvatten söder om Stockholm. Den svartmunnade smörbulten ökade kraftigt i förekomst fram till 2017, gick något tillbaka under 2018, och har därefter ökat igen.
Provfisken visar att gäddan minskar både i Blekinge och södra Östergötlands skärgårdar. Här finns det även en tendens till att abborren är på tillbakagång, samtidigt som dess tillväxt ökar och förekomsten av stora individer är god. Detta tyder på relativt lågt fisketryck och goda tillväxtförhållanden och/eller en minskad födokonkurrens. I motsats till de nedåtgående trenderna hos abborre och gädda, så är bestånden av karpfiskar som mört stabila eller ökande i de undersökta områdena.
Även storspiggen ökar kraftigt i många kustområden, framförallt i skärgårdens mellersta och inre delar. Höga tätheter observeras i området strax norr om Ölands norra udde. Längs stora delar av Östergötlands och Smålands yttre och mellersta delar av skärgården är arten idag helt dominerande. Arten har varit relativt sparsamt förekommande i Blekinge skärgård, men det finns tecken på att den även är på väg att öka här.
En viktig rovfisk i det kustnära fisksamhället är gös, en art som varit på kraftig tillbakagång längs stora delar av den svenska kusten under senare år. Data från provfisken i södra Östergötlands skärgård visar dock att förekomsten av gös ökar.
Den varma sommaren 2018 var gynnsam för föryngringen av varmvattengynnade sötvattensfiskar som abborre, gädda och gös. Positiva effekter på bestånden av dessa arter kan sannolikt ses under kommande år, givet att miljöförhållandena är fortsatt gynnsamma och att predations- och fisketrycket inte är för högt.
Provfisken i Hanöbuktens kustvatten visar på en låg förekomst av torsk och skrubbskädda under senare år, samtidigt som sillen är talrik i området. Konditionen hos framförallt torsken på kusten är väldigt låg och endast 20 procent av de fångade fiskarna har god kondition.
Undersökningar av fiskens hälsa visar att en förbättring under senare år, men att tillståndet för abborre (Blekinge och södra Östergötlands skärgårdar) och skrubbskädda (Hanöbuktens kustvatten) fortfarande är påverkat av någon yttre störning.