I Kattegatt har både yt- och bottenvatten blivit varmare sedan 60-talet. Ingen förändring av salthalten syns och den varierar mycket eftersom det är ett relativt grunt område där vatten från både Nordsjön, Östersjön och Skagerrak möts. Det förekommer ibland syrebrist i Kattegatt, framförallt nära kusten, men de senaste åren har inga problem med syrebrist upptäckts vid den årliga karteringen i augusti-september.
Temperaturen i både ytvatten och djupvatten i Kattegatt har ökat sedan 60-talet då mätningarna startade. En ökande trend finns både för vintermånader, sommarmånader och hela året, vilket gör att sammantaget så är ökningen av temperatur tydligare i Kattegatt än i Skagerrak. I ytvattnet syns också en minskande trend i syrgaskoncentrationen. Minskning är sannolikt kopplad till den ökande temperaturen, som påverkar hur mycket syre som kan lösa sig i vattnet.
Även om det är god vattenomsättning i Kattegatt, vattnet är inte instängt och det blandas till stor del om varje vinter, så förekommer låga koncentrationer av syre i bottenvattnet och ibland även syrebrist efter sommaren. Vattnet med låg salthalt som strömmat ut från Östersjön lägger sig ovanpå det saltare vattnet, vilket gör att Kattegatt är skiktat och normalt finns ett salthaltssprångskikt i hela havsområdet, vilket ökar risken för syrebrist.
Då Kattegatt är relativt grunt så blir det också en mindre volym av djupvatten, det vatten som är under språngskiktet. Det innebär att syret kan minska snabbt och ibland ta slut när sommarens planktonproduktion ska brytas ner på sensommar och höst. Därför görs varje år en kartering av syreförhållandena i Kattegatt under sensommaren eller början på hösten. Det senaste året förekom det inte någon syrebrist vid karteringen.
Den längsta tidsserien i havsområdet är från stationen Fladen i de norra delarna av Kattegatt där mätningar gjorts sedan 1965. Vid stationen Anholt E längre söderut börjar mätningarna först i början av 1980-talet.