Bottenfaunan innefattar det djurliv som man finner i och på bottnarna i våra hav, sjöar och vattendrag. Exempel på olika bottenlevande djur är insektslarver, snäckor, musslor, kräftdjur, havsborstmaskar och tagghudingar.
För många bottenlevande djur utgörs födan av döda plankton och annat material som sjunker ner från vattenmassan, och de spelar därför en betydande roll för nedbrytningen av organiskt material. De bottenlevande djuren utgör i sin tur viktig föda för olika typer av fiskar, vilket gör dem till en viktig länk i näringskedjan mellan sedimenterat organiskt material, bland annat plankton, och organismer högre upp i näringskedjan.
Varierande livsmiljöer
Livsmiljön för de bottenlevande djuren varierar kraftigt beroende på djup, utsattheten för vattnets rörelser och ljusförhållanden. I djupare delar av hav och sjöar kan finmaterial sedimentera under lugna förhållanden, vilket ofta ger mjuka bottnar. På grundare vatten, eller i mera snabbflytande delar av ett vattendrag, håller vågor eller strömmar ofta bottnarna fria från finmaterial och de utgörs istället av block, sten, grus och sand.
Om vegetation finns, samt hur djupt ned den går, beror bland annat på vattnets klarhet och bottenmaterialets stabilitet. På skyddade grunda bottnar med god ljustillgång så frodas ofta vegetationen. Däremot finns till exempel många grunda vågexponerade sandbottnar som helt saknar vegetation, eftersom växter inte kan rota sig i den rörliga stranden.
Även om livsmiljöerna i hav, sjöar och vattendrag på många sätt kan likna varandra, så är det stor skillnad på arter. Störst skillnad finner man mellan sötvatten och hav på grund av skillnaden i salthalt.
Bottenlevande djur i miljöövervakningen
Inom miljöövervakningen används de bottenlevande djuren som en indikator på ett områdes miljötillstånd. Ofta är de arter som utgör ett bottendjursamhälle olika känsliga för olika typer av påverkan, som försurning, övergödning eller andra föroreningar. Genom att studera artsammansättningen får man en indikation på hur miljön mår i det undersökta området, samt om det är utsatt för någon form av yttre påverkan.