I Bottniska viken är status för växtplankton måttlig eller god. I norra och centrala Egentliga Östersjön är statusen fortsatt måttlig. I södra Östersjön, vid Arkona och Bornholmsdjupet, är statusen god. I Kattegatt och Skagerrak är statusen antingen god, vid två regionala kuststationer i Skagerrak, eller hög.
I Bottenhavet dominerar kiselalgerna på våren tillsammans med ciliaten Mesodinium rubrum och i slutet av juni börjar cyanobakterierna dyka upp. Cyanobakterierna dominerar i slutet av juli i Gavik och utsjöstationen, men inte förrän i september i Örefjärden. Bottenhavet utsjö har den högsta biovolymen under våren sett över hela året, medan Örefjärden ger ett högre biovolym under maj månad. Detta beror på en hög andel av ciliaten Mesodinium rubrum.
Utsjöstationen samt Gavik visar en signifikant ökande klorofyllhalt under sommaren. Vid utsjöstationen har klorofyll ökat med nära 9 procent varje år 2000–2014 och 6,5 procent per år i Gavik under perioden 2001–2014. Biovolymen visar ingen signifikant trend på någon av stationerna. En analys av tidsserien för närsalter för Gavik under sommaren ger inga signifikanta förändringar, men humus har minskat något under sommarperioden och pH har ökat.
För Bottenviken redovisas två kuststationer som båda ligger i Råneå. Den inre (RA1) är mer sötvattensinfluerad och har en hög andel av cyanobakterier Aphanizomenon gracile och Planktothrix agardhii, medan den yttre (RA2) är mer lik utsjöstationen A13. Båda stationerna visar en högre andel av små flagellater inom klasserna crypto- och chrysophyceae än utsjöstationen. Biovolymen har sedan mätperiodens start 2004 ökat, medan klorofyllhalten varit oförändrad.
I Bottenvikens utsjö bestod vårblomningen av ciliaten Mesodinium rubrum, dinoflagellater och kiselalger. Klorofyllhalterna har ökat under perioden 1991-2014, medan biovolymen är relativt konstant. Detta visar att biovolym och klorofyll inte är jämförbara parametrar och man bör endast med försiktighet använda klorofyllvärden när man talar om övergödning, eftersom även andra faktorer, som försämrat ljusklimat, kan påverka klorofyllhalten.
Klorofyllhalten i ytvattnet har ökat de senaste 15 åren vid kuststationen Askö (B1). Däremot har biovolymen av växtplankton inte ökat. 2014 var klorofyllvärdet högre än tidigare uppmätt och visade på otillfredsställande status. Då statusklassningen bygger på ett treårsmedelvärde blev statusen emellertid oförändrad måttlig för området. De kvävefixerande cyanobakterierna, främst dominerad av arten Aphanizomenon sp., visar inte längre en uppåtgående trend för de senaste 15 åren. Däremot ökar de om man ser på hela perioden från 1990 fram till 2014.
Vid utsjöstationen Landsortsdjupet (BY31) har biovolymen av växtplankton ökat de senaste 15 åren, men inte klorofyll. Statusen förblir fortfarande måttlig. De kvävefixerande cyanobakterierna visar varken på någon ökning eller minskning.
Inga signifikanta trender finns för växtplanktons biovolym eller klorofyll i södra eller centrala Egentliga Östersjöns utsjö. Kuststationen i Kalmarsund (REFM1V1) har för kort tidserie för trendanalys då provtagning började först 2007. Vid Gotlandsdjupet är statusen precis som i norra Egentliga Östersjön måttlig för såväl klorofyll såsom biovolym. Klorofyll och biovolymsvärden är emellertid högre än de vid Landsortsdjupet. För de övriga stationerna, Kalmarsund, Bornholmsdjupet och Arkona, ger klorofyllvärdena lägre statusklassning än biovolym. Sammanvägda statusen vid REFM1V1 i Kalmarsund är måttlig medan den är god vid Bornholmsdjupet (BY5) och Arkona (BY2). Det finns ingen trend för vare sig ökande eller minskande biovolym av kvävefixerande cyanobakterier vid någon av stationerna.
Både kust- och utsjöstationer i Kattegatt bedömdes till hög ekologisk status.
Trenden för klorofyll var signifikant minskande vid utsjöstationen Anholt E samt vid kuststationen Nidingen (N7). Vid en Kattegattstation (N14 Falkenberg) var det provtagningsuppehåll 2002–2006, varför tidsserierna både innan och efter uppehållet var för korta för trendanalyser. De två övriga kuststationerna hade för korta tidsserier för trendanalys av biovolymer.
Vid stationer längs hela västkusten från Laholmsbukten till Kosterfjorden, observerades höga cellantal av det potentiellt giftiga dinoflagellatsläktet Alexandrium spp. i april månad. Samtidigt uppmättes också PST, Paralytic Shellfish Toxin, i blåmusslor vid odlingar vid Bohuskusten. DST, Diarrhetic Shellfish Toxin, i blåmussla översteg gränsvärdena i maj och november samtidigt med att det var förhöjda cellantal av de potentiellt giftiga arterna Dinophysis acuminata och D. acuta.
Bedömning av ekologisk status för växtplankton baseras på en sammanvägning av parametrarna biovolym och klorofyll, som här redovisas separat. Figurerna visar årliga medelvärden för juni-augusti (punkter) samt löpande treårsmedelvärden (heldragna linjer) från slangprov 0-10 m för stationer i Kattegatt och Skagerrak. Streckad linje visar signifikanta minskningar för klorofyll respektive biovolym för senaste 15 åren (2000-2014) (testad med Mann- Kendall). Kustområdenas klassgränser antyds för ekologisk status även för utsjöstationer för att ge en fingervisning om miljöstatus. Anholt, N14, Å17 och Släggö är alla nationella stationer, L9 och N7 är regionala stationer från Hallands läns kustvattenskontroll och Åstol och Kosterfjorden är regionala stationer från Bohuskustens vattenvårdsförbunds provtagningsprogram.