Samtliga sälbestånd i svenska vatten växer, men tillväxten skiljer sig åt mellan de olika arterna. I Bottenhavet ökar beståndet av vikaresäl med 4,5 procent per år, vilket är mindre än artens maximala tillväxthastighet som är nära 10 procent De senaste två årens räkningar av vikare är inte jämförbara med den tidigare tidsserien då isen smälte betydligt tidigare under de två senaste åren. Antalet vikaresälar som ligger ovan havsytan på is eller land och därmed kan räknas, fördubblas när istäcket smälter samman. I Östersjön fortsätter antalet gråsälar att växa med cirka 8 procent per år. Många tidigare upptäckta sjukliga förändringar hos gråsäl har minskat. Dock har ett minskande späcklager hos gråsäl observerats under 2000-talet och förekomst av hudskador och leverparasiter har ökat. Populationen av knubbsäl i Kalmarsund ökar med 9 procent per år och antalet kolonier ökar. För knubbsälspopulationerna i Skagerrak och Kattegatt är tillväxthastigheten 9 respektive 6,5 procent per år.
Från och med i år kommer populationsdata från knubbsäl att rapporteras som trimmade medelvärden, det vill säga genomsnittet av de två högsta årliga räkningarna anges för varje år. Detta då analyser visat att trimmade medelvärden bättre avspeglar tillväxthastigheten i sälstammarna. Populationerna av knubbsäl i Skagerrak och Kattegatt ska också ses som skilda bestånd då genetiska analyser visar att endast få individer utväxlas mellan dem. I Skagerrak-populationen ingår sälarna i yttre Oslofjorden (Norge), medan knubbsälarna i Kattegatt är spridda på danska och svenska lokaler, varför denna population är gemensam för Sverige och Danmark.
Tillväxthastigheten i båda bestånden var 12 procent per år mellan 1978 och 2002, förutom under de två epidemierna 1988 och 2002, då nära hälften av bestånden dog vid båda tillfällena. Efter 2002 har tillväxthastigheten minskat till cirka 9 procent per år i Skagerrak och 6,5 procent i Kattegatt. Under 2014 drabbades knubbsälarna av en epidemi av fågelinfluensa (H10N7) där nära 700 sälar drev iland i Sverige och Danmark. I flygräkningsresultaten antyds att särskilt Kattegatt blev drabbat då färre antal sälar räknades under inventeringarna på samtliga lokaler i både danska och svenska vatten. Analyser av blodserum från knubbsälar provtagna under senhösten visade att nära 75 procent av dem hade antikroppar mot viruset H10N7, vilket visar att de flesta av de infekterade djuren överlevde. Sjukdomen spreds sedan vidare till Nordsjökusten där flera tusen sälar dog.
Kalmarsund-populationen har ökat stadigt med 9 procent per år sedan mitten av 1970-talet. Denna population har inte drabbats av de epidemier som starkt decimerat övriga bestånd efter Europas fastland samt Brittiska öarna, troligen beroende på att de har mycket begränsad kontakt med dessa. Beståndet har ökat sin utbredning och finns i begränsat antal vid södra och östra Öland.
Vikaresälen i Bottniska viken har sedan 1988 inventerats genom linjetaxering (ett stickprov mellan två parallella 800 m breda linjer) på den is som fortfarande finns kvar under senare hälften av april, den tid då vikaresälar byter päls. Under år med relativt intakt is har en liknande andel av sälarna befunnit sig på isen, där revirhävdande vuxna djur håller yngre sälar borta. Antalet räknade sälar ökade från cirka 2 000 under 1988 till nära 8 000 under 2013, vilket ger en tillväxthastighet på 4,5 procent. Under 2014 och 2015 hade en stor del av isen smält vid inventeringstillfället och vuxna djur hade givit upp sina vinterrevir. Detta ledde troligtvis till att den kvarvarande isen utnyttjades även av andra ålderskategorier för pälsbyte, varvid antalet uppeliggande djur som befanns ligga på isen ökade dramatiskt under 2014 och 2015 till cirka17 000 djur. Dessa senare data är därför inte jämförbara med den tidigare tidsserien, men visar att det sanna antalet vikaresälar är betydligt fler än vad tidigare data angett.
Gråsälar i Östersjön rör sig över stora områden och tillhör därför samma förvaltningsenhet. Inventeringarna av gråsäl i Östersjön samordnas därför sedan 2000 med finska, estniska, ryska och danska myndigheter för att kunna ge en indikation på utvecklingen för Östersjöns gråsälspopulation som helhet. Huvuddelen av inventeringarna sker från luften och sälskären fotograferas och antalet sälar på bilderna räknas. I Bottenviken och runt Gotland sker räkningarna fortfarande främst från båt eller land. Antalet räknade gråsälar är inte det samma som det totala antalet individer i Östersjön. Även om merparten av sälarna ligger på skär och grynnor under pälsbytet kommer vissa individer att byta päls innan eller efter räkningsperioden och kommer därför inte kunna räknas på bådorna. Dock ger inventeringen ett bra mått på populationens tillväxt som är fortsatt stabil och ökar med cirka 8 procent årligen under perioden 2000-2014. Figuren beskriver utvecklingen för det totala antalet räknade gråsälar i Östersjön 2000–2014.
Hos gråsälen upptäcktes många sjukliga förändringar under 1970-talet. Hos både vikare och gråsäl påvisades sammanväxningar och förträngningar i livmoderhornen, ofta med sterilitet som följd. Hos gråsäl i Östersjön noterades dessutom livmodertumörer, skador i hud, klor, blodkärl, skelett, tarmar, binjurar och njurar. Denna sjukdomsbild har inte rapporterats från några sälpopulationer utanför Östersjön. Den höga förekomsten av gråsälens livmoderförändringar under 1970-talet och minskningen under 1990-talet följer trenderna av de persistenta organiska miljögifterna PCB och DDT i Östersjön. Likaså har livstidsexponeringen för PCB visat samband till förekomst av livmodertumörer hos gråsäl. Halter av PCB och DDT i Östersjön minskar långsamt ochsedan 1990-talet har andelen dräktiga gråsälshonor ökat och sammanväxningar i gråsälens livmoder har inte observerats efter 1993, däremot sågs förändringen senast 2011 hos vikare.
Till skillnad från de flesta andra sjukliga förändringar så ökade förekomsten av tarmsår i grovtarmen hos 1-3-åriga gråsälar under åren 1987-1996 och även hos 4–20-åriga gråsälar under åren 1997–2007. Därefter har andelen gråsälar med tarmsår minskat. I Bottniska viken förekommer tarmsår i en högre frekvens jämfört med Egentliga Östersjön. Tarmsår ses oftast i grovtarmen men förekommer även i slutet av tunntarmen och blindtarmen. Såren uppstår möjligen av en infektion av hakmaskparasiter (Corynosoma sp.). Parasiterna kan orsaka små slemhinnesår, vilka kan förstoras och bli djupgående i tarmväggen. Tarmsåren kan även genomborra tarmväggen och resultera i bukhinneinflammation och dödsfall. Hos undersökt gråsäl noteras att tarmsårsförekomsten 2013/2014 har minskat och nu finns hos 20 procent av gråsälarna i Bottniska viken och hos 10 procent av gråsälarna i Egentliga Östersjön. Orsaken till tarmsåren är inte känd men en hypotes är att förmågan att läka är försämrad hos gråsälarna, eventuellt till följd av miljögifter.
I början av 2000-talet sågs en minskande späcktjocklek hos gråsäl och späcktjockleken är fortsatt något tunn. Sammantaget under 2000-talet så har i Egentliga Östersjön 4–20-åriga undersökta gråsälshanar signifikant tunnare späcktjocklek jämfört med samma åldersgrupp i Bottniska viken.
Under 2014 drabbades knubbsälar på Västkusten av ett fågelinfluensavirus, H10N7, som medförde ökad dödlighet (se avsnittet Knubbsäl). Hos alla tre sälarter men framför allt hos gråsäl har hudsår, tunnhårighet och förlust av pigment på ögonlock noterats sedan 2011. Pigmentförlust på ögonlock har även i efterhand observerats på foton från 2005. Under 2013/2014 observerades fortfarande hudförändringarna, men orsaken är ännu okänd (se vidstående artikel). Förekomsten av leverparasiten Pseudamphistomum truncatum noterades öka hos gråsäl 2008 och är fortsatt hög. Leverparasiten har visat sig kunna orsaka allvarliga lever- och gallgångsinflammationer hos gråsäl och andra fiskätande däggdjur.