I de undersökta områdena har tillståndet generellt förbättrats för de bottenlevande djuren under senare år och miljöstatusen är god i utsjön och till och med hög i Skagerraks yttre vatten. Även längs kusterna är statusen överlag god. Inne i skärgårdar, fjordar och vikar, där miljön är mer påverkad av lokala faktorer, råder stora regionala skillnader i ekologisk status och i hur det ser ut år från år. De djupare delarna av Östersjön och några Bohusländska fjordar som ofta är starkt påverkade av syrebrist, ingår inte i undersökningsprogrammet och därmed inte i de resultat som redovisas i den här artikeln.
I de allra flesta övervakade områden i Bottniska viken är statusen för bottenfaunan god 2014, vilket är en förbättring mot tidigare år. Inte sedan sent 1990-tal har lika många områden haft god miljöstatus.
I Bottenvikens utsjöområden råder sedan länge god status, medan kustområdena uppvisar större variation. Det är framförallt två områden som inte når god status, och inga större förbättringar har skett 2014 jämfört med tidigare år. Det har visat sig att bottenfaunaindex (BQI) i sin nuvarande form inte fungerar tillfredsställande i Bottenvikens kustområden så dessa resultat får tolkas med försiktighet.
I Bottenhavet är det framförallt i kustområdena som en förbättring skett. Men även i utsjön utanför Norrbyn har BQI ökat sedan ett par år tillbaka och statusen är god. En viktig förklaring till att ekologisk status har förbättrats i Bottenhavet är det ökande antalet vitmärlor, Monoporeia affinis. Vitmärlan har ett högt känslighetsvärde och antalet vitmärlor har därför stor inverkan på hur status bedöms i Bottniska vikens artfattiga ekosystem.
En annan nyckelart som har stor inverkan på BQI är östersjömusslan, Macoma balthica. Populationerna av östersjömussla uppvisar av okänd anledning olika dynamik i de norra och södra delarna av Bottenhavet. I norra Bottenhavet har östersjömusslan ökat i såväl antal som biomassa under de senaste tio åren i Norrbyns utsjöområde, Gavik/Edsätterfjärden och vid Holmöarna. I utsjöområdena i söder däremot är utvecklingen den rakt motsatta och östersjömusslan minskar. I områden där östersjömusslan minskat, har istället andra arter med högre känslighetsvärde ökat i antal, vilket medfört högre BQI och förbättrad ekologisk status.
För att bedöma miljötillståndet på marina sedimentbottnar används indexet BQI – Benthic Quality Index. Arter har tilldelats ett känslighetsvärde baserat på empiriska data eller expertbedömningar. Den grundläggande idén för bedömningen är att en ostörd bottenmiljö förväntas ha en fauna med hög diversitet, medan en störd bottenmiljö förväntas ha en fauna med färre men tåligare arter. Arter som endast återfinns i miljöer med hög diversitet har ett högt känslighetsvärde och arter som återfinns i miljöer med låg diversitet har ett lågt känslighetsvärde. Indexet väger samman tre parametrar i faunans struktur; proportionerna av djur med olika känslighetsvärden, det totala antalet arter och det totala antalet individer. En hög andel individer med låga känslighetsvärden, få arter och lågt antal individer, leder således till ett lågt index och indikerar därmed ett sämre miljötillstånd.
I Egentliga Östersjön når de flesta undersökta områden god ekologisk status under 2014. De områden som inte når god status är St. Anna och Västervik. I St. Anna skärgård har statusen varierat mellan god och måttlig sedan provtagningarna startade 2007. Området utanför Västervik har under alla år haft otillfredsställande status. Detta är framförallt beroende på att fyra av de tio stationerna ligger på djup nära salthaltssprångskiktet. Hur djupt språngskiktet ligger varierar och dessa stationer utsätts därför ofta för låga syrehalter, vilket i sin tur leder till att bottenfaunan utarmas. Under språngskiktet förekommer sällan bottenfauna över huvud taget på grund av syrebrist. De övriga stationerna i Västerviksområdet är belägna ovanför språngskiktet och har i allmänhet god status.
Bland de dominerande arterna är den största förändringen att antalet havsborstmaskar av släktet Marenzelleria spp. minskat. Släktet har ett lågt känslighetsvärde och har ofta förekommit i höga tätheter. När tätheten minskar påverkas BQI i positiv riktning. I Egentliga Östersjön förekommer två arter av vitmärlor, Monoporeia affinis och Pontoporeia femorata. Båda arterna är känsliga för syrebrist och har det högsta känslighetsvärdet. Arterna kan förekomma i höga tätheter och kan därför ha stor inverkan på BQI. År 2014 var förekomsten av framförallt Monoporeia affinis den lägsta sedan programmets början. Antalet Pontoporeia femorata har inte minskat i samma utsträckning, vilket bidrar till att de flesta områden i Östersjön trots allt kan bedömas ha god ekologisk status.
Det finns tre arter av släktet Marenzelleria spp. i Östersjön. Alla tre är invasiva och mycket svåra att skilja åt. Masken upptäcktes första gången i södra Östersjön i mitten av 1980-talet och förekommer från 2007 i samtliga provtagningsområden i Egentliga Östersjön. Runt år 2011–2012 var maskarna som mest talrika och på en utsjöstation vid Svenska Björn förekom tätheter på närmare 5000 individer per kvadratmeter. Därefter har populationerna minskat och 2014 är tätheterna i stort sett desamma som 2007. I Asköområdet, som har de enda långa tidsserierna i Egentliga Östersjön, har man kunnat följa populationsdynamiken och hur utbredningen förändrats. De första exemplaren av Marenzelleria spp. upptäcktes 1999 på en enskild station, för att bara några år senare påträffas på samtliga 20 stationer.
Bland de undersökta områdena i Västerhavet är det, liksom tidigare år, högst ekologisk status i öppna havet, lägre status närmare kusten och stora skillnader i status mellan olika skärgårdområden och fjordar. Bland kustlokalerna är det fortfarande lägst status utanför Göteborgs norra skärgård upp till Marstrandsfjorden. Det är i detta område som kusten är mest påverkad av utflödet från Göta och Nordre älv. I området norr om Marstrandfjorden där Jutlandströmmen från södra Nordsjön vanligen kommer in mot svenska kusten är bottenfaunan i allmänhet rikare och mer divers. Faunan i öppna havet och utanför kusten påverkas framförallt av storskaliga förändringar i miljön vilket medför att utvecklingen på lokaler på samma djup i hög utsträckning följs åt. Mönstret ser annorlunda ut bland lokalerna i olika innerskärgårdsområden och fjordar där förändringarna ofta pekar åt olika håll. Utvecklingen här påverkas i första hand av begränsning i vattenomsättning och lokala miljöfaktorer.
I Kattegatts utsjöområden försämrades tillståndet på de undersökta lokalerna under 2013 och mest markant var försämringen vid några kustnära djupare lokaler söder om Nidingen. Året därpå är det åter igen god status efter att tillståndet förbättrats vid samtliga lokaler i öppna havet. Även i Kattegatts kustområden råder efter en flerårig trend av förbättrade förhållanden, god status på de flesta lokaler.
Däremot har förhållandena försämrats i Hallands inre kustvatten och främst i Laholmsbukten och i dess inre delar där det är dålig status 2014. De bottnar, i och utanför Laholmsbukten, som ligger strax under salthaltssprångskiktet är ofta utsatta för låga syrehalter under sensommar och höst.
Även i Skagerrak var tillståndet försämrat 2013 på de lokaler i utsjön som framförallt påverkas av vattenmassor från Nordsjön. Trots försämringen råder god status på samtliga av dessa lokaler. Några extra lokaler har provtagits utanför programmets ramar i yttre Skagerrak. På lokalerna, som ligger på större djup där bottenvattnet är av atlantiskt ursprung, är statusen hög. Även i Kosterfjordens djupaste delar som står i förbindelse med Skagerraks djupvatten råder hög status.
Längs Bohuskusten i övrigt är statusen överlag god. I Bohusläns fjordar är tillståndet för bottenfaunan mycket olika och i flera fjordar har status försämrats. I Marstrandsfjorden och fjordsystemen innanför Tjörn och Orust har miljötillståndet överlag försämrats och är på flera lokaler otillfredsställande. I fjordsystemets inre delar är syrebristen flerårig under salthaltssprångskiktet och bottnarna saknar vanligen fauna helt och hållet. I Byfjorden har pilotstudien inom Baltic Deepwater Oxygenation-projektet (BOX) avslutats och det råder återigen permanent syrebrist under språngskiktet. I Gullmarsfjordens djuphåla där tillståndet är stark kopplat till hur ofta bottenvattnet byts ut råder god status och i Brofjorden och området utanför är statusen liksom tidigare år måttlig.
Känslig bottenfauna tappar mark, Havet 2008 sidan 64.
Syretillgången avgörande för Bohusläns fjordar, Havet 2012 sidan 56.
När syret återvänder – återkolonisation följer mönster, Havet 2010 sidan 46.