Bakterieplankton indikerar god näringsstatus i Bottenviken såväl som i Bottenhavet. I ytvattnet de senaste 15 åren har systemet varit stabilt med hänseende på bakterier, endast vid två av nio stationer i Bottniska viken har bakterieplankton ökat.
Bakterieplankton står för en betydande del av produktionen i havet. De är viktiga för många processer, till exempel nedbrytning av organiskt material. Att mäta bakterietillväxt ger möjlighet att upptäcka ökande biokemisk syrekonsumtion som kan leda till syrebrist. Dessutom ingår bakterieplankton i näringsväven som föda för djurplankton. I havet lever de främst av organiskt material från växtplankton, men i Bottenviken och längs kusterna är även löst organiskt material från älvarna viktig föda. Inom miljöövervakningen ingår bakterieplankton som en indikator på näringsstatus i havet.
Bakterieplanktonbiomassan ökar i ytvattnet både vid kust- och utsjöstationer i Bottenviken och Bottenhavet från mätseriens start 1991. Starkast har ökningen varit i Örefjärden vid norra Bottenhavets kust, med en årlig ökning på 1,5 procent eller totalt nära en fördubbling sedan 1991 fram tills i dag. Om man däremot analyserar data från enbart de senaste 15 åren ser man inga signifikanta ändringar vid några stationer, förutom vid den yttre kuststationen vid Råneå i norra Bottenviken (RA2). Data från denna station finns för perioden 2006–2014 och här har biomassan ökat med 32,5 procent under denna period.
För bakterietillväxt i ytvattnet ses en signifikant trend endast vid den yttre kuststationen i Örefjärden och inga andra stationer. I Örefjärden har ökningen varit 2,8 procent per år eller 26 procent för hela mätserien. De senaste 15 åren är ökningen mindre markant med 1,8 procent per år under perioden 2000 till 2014.